(仮訳)Scheffersomyces属酵母クレードの複数遺伝子に基づく系統学的研究およびキシロースレダクターゼ遺伝子N末端領域の特性
Urbina, H. & Blackwell, M., 2012. Multilocus Phylogenetic Study of the Scheffersomyces Yeast Clade and Characterization of the N-Terminal Region of Xylose Reductase Gene. PLOS ONE. Available at: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0039128 [Accessed January 5, 2016].
【R3-02533】2016/01/05投稿

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3行まとめ

植物組織および材生息性昆虫から分離されたキシロース発酵能を有する酵母を対象に分子系統解析を行った。
広葉樹から分離されたScheffersomyces quercinusなど3新種を記載し、Candida属7種に対して新組み合わせを提唱した。
キシロースレダクターゼ遺伝子N末端の保存された領域に発酵能に関連する可能性のある変異が含まれていること、XYL1およびRPB1遺伝子が迅速同定に使用できる可能性があることなどが示唆された。
Louisiana State University, Burden Research Plantation, Baton Rouge, East Baton Rouge Parish, Louisiana

(新種)

Scheffersomyces quercinus H. Urbina & M. Blackw.
語源…コナラ属の
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces virginianus
米国ルイジアナ州に分布する
同じコナラ属植物から分離される
37°Cで生育不能
0.1%シクロヘキシミド添加培地で生育可能
60%D-グルコース添加培地で生育可能
16%NaCl添加培地で生育不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりL-ラムノース、メリビオース、ラクトース、ラフィノース、メレジトース、myo-イノシトール、キナ酸、硝酸塩を資化可能
本種と異なりDL-乳酸、カダベリンを資化不能
本種と異なりビオチン+チアミン添加培地で生育可能
本種と異なりビオチン添加培地で生育不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
RAPD-PCRのバンドパターンで区別される
Scheffersomyces insectosa
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces lignosus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりグルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces shehatae
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces stipitis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノースを資化可能
本種と異なりガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces illinoiensis
米国ルイジアナ州に分布する
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりコナラ属ではなくペカン属植物から分離される
本種と異なりラムノース、メリビオースを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Highland Rd. and S. Stadium Dr., Louisiana State University, Baton Rouge, East Baton Rouge Parish, Louisiana, USA

(新種)

Scheffersomyces virginianus H. Urbina & M. Blackw.
語源…Quercus virginiana
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces quercinus
米国ルイジアナ州に分布する
同じコナラ属植物から分離される
37°Cで生育不能
0.1%シクロヘキシミド添加培地で生育可能
60%D-グルコース添加培地で生育可能
16%NaCl添加培地で生育不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりDL-乳酸、カダベリンを資化可能
本種と異なりL-ラムノース、メリビオース、ラクトース、ラフィノース、メレジトース、myo-イノシトール、キナ酸、硝酸塩を資化不能
本種と異なりビオチン添加培地で生育可能
本種と異なりビオチン+チアミン添加培地で生育不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
RAPD-PCRのバンドパターンで区別される
Scheffersomyces insectosa
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりカダベリンを資化可能
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces lignosus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なり乳酸、カダベリンを資化可能
本種と異なりラムノース、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces shehatae
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりカダベリンを資化可能
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces stipitis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なり乳酸、カダベリンを資化可能
本種と異なりガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces illinoiensis
米国ルイジアナ州に分布する
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりコナラ属ではなくペカン属植物から分離される
本種と異なり乳酸、カダベリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
810 Pecan Dr., St. Gabriel, Ascension Parish, Louisiana, USA

(新種)

Scheffersomyces illinoinensis H. Urbina & M. Blackw.
語源…ペカン (Carya illinoinensis) の
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces stipitis
キシロース発酵能を有する
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1およびXYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
RAPD-PCRのバンドパターンで区別される
Scheffersomyces insectosa
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces lignosus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces shehatae
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、メリビオースを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces stipitis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces virginianus
米国ルイジアナ州に分布する
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりペカン属ではなくコナラ属植物から分離される
本種と異なり乳酸、カダベリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces quercinus
米国ルイジアナ州に分布する
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりペカン属ではなくコナラ属植物から分離される
本種と異なりラムノース、メリビオースを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces coipomoensis (C. Ramírez & A.E. González) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida coipomoensis C. Ramírez & A.E. González
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(新組み合わせ)

Scheffersomyces gosingicus (C.F. Lee) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida gosingica C.F. Lee
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces spartinae
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2に基づく分子系統解析で近縁
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces insectosa (Kurtzman) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida insectosa (Kurtzman) Kurtzman
(基礎異名はCandida shehatae
var. insectosa Kurtzman
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces lignosus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸を資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1およびXYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
RAPD-PCRのバンドパターンで区別される
Scheffersomyces quercinus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces virginianus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化可能
本種と異なりカダベリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces illinoiensis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces lignicola (Jindam., Limtong, Yongman., Tuntir., Potach., H. Kawas & Nakase) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida lignicola Jindam., Limtong, Yongman., Tuntir., Potach., H. Kawas & Nakase
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces queiroziae
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で近縁
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces lignosus (Kurtzman) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida lignosa (Kurtzman) Kurtzman
(基礎異名はCandida shehatae var. lignosa Kurtzman)
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces insectosa
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸を資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1およびXYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
RAPD-PCRのバンドパターンで区別される
Scheffersomyces quercinus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりグルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces virginianus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化可能
本種と異なり乳酸、カダベリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces illinoiensis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces queiroziae (R.O. Santos, R.M. Cadete, Badotti, A. Mouro, Wallheim, F.C.O. Gomes, Stambuk, Lachance & C.A. Rosa) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida queiroziae R.O. Santos, R.M. Cadete, Badotti, A. Mouro, Wallheim, F.C.O. Gomes, Stambuk, Lachance & C.A. Rosa
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces lignicola
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で近縁
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1に基づく分子系統解析で明瞭に区別される

(新組み合わせ)

Scheffersomyces shehatae (H.R. Buckley & van Uden) H. Urbina & M. Blackw.
旧名:Candida shehatae H.R. Buckley & van Uden
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【よく似た種との区別】
Scheffersomyces quercinus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、イヌリンを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces virginianus
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、ガラクチトール、乳酸、グルコサミン、トリプトファン、メリビオース、イヌリンを資化可能
本種と異なりカダベリンを資化不能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される
Scheffersomyces illinoiensis
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1、D1/D2、XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で近縁
本種と異なりラムノース、メリビオースを資化可能
nrSSU+ITS+nrLSU+RPB1XYL1遺伝子に基づく分子系統解析で明瞭に区別される