大菌輪 Daikinrin

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種名一覧

最終更新日：2020年10月4日

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クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
大菌輪 は クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスの下で提供されています。

更新履歴と現在の作業

2021/2/27「論文3行まとめ」「識別形質まとめ」「関連論文」「論文3行まとめ検索ツール」「タイプロカリティマップ」を更新。（R3-08184まで）
2021/2/26 「大菌輪Trait Circus」を更新。（担子菌9480→9497種、子嚢菌4314→4949種）
2021/2/24 「R3ダッシュボード」の公開を終了しました。以降の更新はObservable版に反映されます。
2021/2/20 「論文3行まとめ検索ツール」を作成。今後はheroku版からこちらに移行予定。
2021/1/30 Observable版「大菌輪Trait Circus」（全菌類の形質データベースと絞り込み検索ツール）を正式に公開しました。こちらからご覧ください。先行公開していたDash版から徐々にこちらに移行していきます。
2021/1/11 最近追加したタグに英訳付与、「タグから検索」ページ更新。
2021/1/1 ニッチェ・ライフ 第8号に形質データベースに関する記事を掲載していただきました。Webアプリはこちら。すぐサーバーが落ちるので早いうちに別の場所に移植する予定です。
2020/9/23 MycoBankリニューアルに伴い、リンクが全て機能しなくなってしまいました。また、MycoBankのWebAPIも機能停止しているようですが、今年の年末までには実装されるとのことです。利用可能になり次第、本サイトにも反映します。（2021/2/3追記：まだ実装されていないみたいです ）
2020/9/16 2年ぶりに「種名一覧」を更新しました。
2020/9/12 （リロード進捗状況）各分類群のページの更新・新規投稿・削除は一通り完了しました。掲載サイト一覧、種名一覧などを更新予定です。
2020/9/2 「論文3行まとめ」エクセルファイル（import.xlsx）の全データのタグおよび分類群を最新の情報に更新しました（例えば「マケドニア」→「北マケドニア」など）。以後、更新のたびに最新版に修正される予定です。
2020/8/30 現在、大規模なリロード作業（学名・和名、Webページなどサイト全体の更新）を実施中です。リロード中は掲載サイトが一部に限定されるほか、リンクが繋がっていない場合があります。
2020/7/4 千葉菌通信の記事リンクを掲載。
2020/4/30 「タグから検索」ページの解析例をPCA+UMAPに差し替え。
2018/12/2 子実層托拡大写真「HP-Dino55データセット」ver.6.0を公開。 検索用特設ページ
2018/7/5 子実層托拡大写真「HP-Dino55」データセット検索用特設ページを作成。（ブラウザによっては動作しなかったり不安定だったりしそうです）
2018/4/8 「種名一覧（和名・学名）」更新。
2016/10/16 「微小菌インフォシート」追加（#5）。
★これより前は忘れました★

千葉菌通信記事・千葉菌スライド会要旨

（2020年7月4日）千葉菌類談話会通信36号にLiterature-based Discoveryに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類学文献に隠された「未知の繋がり」を見つけ出す」
PDF
（2019年7月6日）千葉菌類談話会通信35号に形質データベースに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類の形質を掌握せよ　～形質データの構造化・統制・集積～」
PDF
（※前年度の記事のエラッタも最終頁に掲載されています）
（2018年6月2日）千葉菌類談話会通信34号に菌学用語オントロジーに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類オントロジー構築に向けたマイナーターム・マイニング」
PDF
（2018年1月13日）千葉菌類談話会スライド会で以下の内容を発表いたしました。
タイトル：「硬質菌類の孔口拡大写真からの自動特徴量抽出」
要旨

（2017年7月8日）千葉菌類談話会通信33号に系統樹自動可視化に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

（2016年5月3日）千葉菌類談話会通信32号に文献索引（インデックス）に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

また、この記事に関連する補足資料（タグ解析の実例紹介）を公開いたします。開くには下の画像をクリックしてください。

（昨年度発表：2017年1月14日）タイトル：「菌の輪を描く – GraPhlAn による種名リストの系統的可視化 」
要旨
（2年前の発表：2016年1月10日）「きのこを見分ける時に まず見るべき部分はどこか ～識別形質の価値の定量化～」
スライド
要旨

子実層托拡大写真データセット

USB顕微鏡（DinoLite-Premier E）でほぼ一定の条件（倍率・角度・照明）で撮影した子実層托（襞・管孔など）の拡大写真データセット「HP-Dino55」を公開します。（ver.6.0、397種、16,956枚）

 

・ライセンス未確認の「コレラタケ」を除き、全てCC-BYライセンスとなっておりますので、ご自由にお使いください。
・本来人工知能の学習データとして収集しているものですが、用途はもちろん自由です。
・CBM-から始まる写真は千葉県立中央博物館の収蔵標本を撮影させていただいたものです。

ダウンロード
検索用特設ページ
スケール写真（目盛は1mm、全写真がこのスケールと同一の倍率[55倍]です）

新しいきのこ図鑑！

本サイト管理人が著者として参加させていただいた、「しっかり見わけ観察を楽しむきのこ図鑑」が上梓されました！「識別」と「同定」を重視した個々の種の解説に加え、きのこの主なグループの重要な識別形質を、豊富なデータを基に読み解いた、今までにないタイプの図鑑です（一部の内容に大菌輪のデータを使用しています）。
ご興味をお持ちの方はぜひ書店等で手に取ってみてください。

（↑上の画像をクリックすると出版社のページに飛びます）

大菌輪CCCデータセット【公開終了】

形質データベース「大菌輪CCCデータセット」は2020年9月をもって公開終了しました。今後はより体系的に収集した「Trait Circusデータセット」を使用します。Webアプリおよびデータを近日公開予定です。

微小菌インフォシート

（2016年10月16日更新）大菌輪のコンテンツとは別という扱いですが、当面の間はこの場で公開いたします。
インフォーマルでインフォーマティブな観察シートです。
コンセプトは「あまり知られていない菌の存在を分かりやすく伝える」で、おおむね1時間程度でさらっと作成できるような内容を目指しています。
こちらの更新は不定期となります。

#5 エリシフェ・クサノイ（エノキうどんこ病菌） (Erysiphe kusanoi)
#4 ヴォルテラ属の一種 (Volutella sp.)
#3 スティクティス属の一種 (Stictis sp.)
#2 ダクティロスポラ・スティギア (Dactylospora stygia)
#1 クラウゼノマイセス・プラシヌルス (Claussenomyces prasinulus)

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