大菌輪 Daikinrin

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種名一覧

最終更新日：2018年1月14日

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【和名一覧】

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
大菌輪 は クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスの下で提供されています。

ダッシュボードはじめました

「論文3行まとめ」のデータを「分類群」または「タグ」から検索・解析できるダッシュボードを作成しました。

https://r3dash.herokuapp.com/

できること：

・任意の分類群またはタグを指定して、それを持つ論文の年ごとの数をグラフで表示
・グラフをクリックすることで個々の論文の詳細情報を表示
・任意の分類群またはタグを指定し、それを持つ論文に付与されているタグの集計値を表示可能、関連性の強いタグをオッズ比を使って探索可能

既知の不具合：

・MycoBankのデータ仕様の関係で、特に歴史の古い属の分類がうまくいかない（ハラタケ属の一部がテングタケ属になってしまっているなど）…以前から悩ましい問題で、対処は困難
・スマートフォンでは重すぎて多分満足に使用できません
・一部のタグで文字化けで検索に支障が出ているので早めになんとかします

以前公開していた「菌言マイニングツール」とほぼ同等のことが、より直感的に可能になります。

更新履歴と現在の作業

2019/9/16 「論文3行まとめ」「識別形質まとめ」「関連論文」「R3ダッシュボード」を更新。（R3-06594まで）
2019/8/12 「論文3行まとめ」データの検索・解析ができる「R3ダッシュボード」を仮公開。
2019/7/6 千葉菌通信の記事リンクを掲載。
2018/12/30 最近追加したタグに英訳付与、「タグから検索」ページ更新。
2018/12/2 子実層托拡大写真「HP-Dino55データセット」ver.6.0を公開。 検索用特設ページ
2018/7/28 長らく放置してしまいましたが、特に大きな問題もなさそうなので、本日から「2018年版」とします。「参照させていただいたwebサイト一覧」を更新済み。バナーは作る気力が出たら差し替えます。
2018/7/5 子実層托拡大写真「HP-Dino55」データセット検索用特設ページを作成。（ブラウザによっては動作しなかったり不安定だったりしそうです）
2018/4/8 「種名一覧（和名・学名）」更新。
2017/4/19 CCCデータセットを更新しました（ver.1.2→ver.1.31）。新たに「分生子果」「分生子柄」「胞子嚢柄」関連のCCCを追加し、14,966件の記載文を解析対象としています。今回の更新で掲載分類群が約2.5倍に増加しました。
（※2017/4/16に公開したver.1.3には一部の学名の対応関係に誤りがありました。ver.1.31として改めて公開いたします。）
2017/1/2 各菌のページにCCCデータセットver.1.1の内容を反映させました。新たに「胞子嚢胞子」関連のCCCを追加しました。
2016/12/21 「大菌輪CCCデータセット ver.1.0」を公開いたしました。
2016/10/16 「微小菌インフォシート」追加（#5）。
2016/4/17 タグ一覧を更新し、英訳を追加しました。（現在の件数：5194件）
★これより前は忘れました★

千葉菌通信記事・千葉菌スライド会要旨

（2019年7月6日）千葉菌類談話会通信35号に形質データベースに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類の形質を把握せよ　～形質データの構造化・統制・集積～」
PDF
（※前年度の記事のエラッタも最終頁に掲載されています）
（2018年6月2日）千葉菌類談話会通信34号に菌学用語オントロジーに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類オントロジー構築に向けたマイナーターム・マイニング」
PDF
（2018年1月13日）千葉菌類談話会スライド会で以下の内容を発表いたしました。
タイトル：「硬質菌類の孔口拡大写真からの自動特徴量抽出」
要旨

（2017年7月8日）千葉菌類談話会通信33号に系統樹自動可視化に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

（2016年5月3日）千葉菌類談話会通信32号に文献索引（インデックス）に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

また、この記事に関連する補足資料（タグ解析の実例紹介）を公開いたします。開くには下の画像をクリックしてください。

（昨年度発表：2017年1月14日）タイトル：「菌の輪を描く – GraPhlAn による種名リストの系統的可視化 」
要旨
（2年前の発表：2016年1月10日）「きのこを見分ける時に まず見るべき部分はどこか ～識別形質の価値の定量化～」
スライド
要旨

子実層托拡大写真データセット

USB顕微鏡（DinoLite-Premier E）でほぼ一定の条件（倍率・角度・照明）で撮影した子実層托（襞・管孔など）の拡大写真データセット「HP-Dino55」を公開します。（ver.6.0、397種、16,956枚）

 

・ライセンス未確認の「コレラタケ」を除き、全てCC-BYライセンスとなっておりますので、ご自由にお使いください。
・本来人工知能の学習データとして収集しているものですが、用途はもちろん自由です。
・CBM-から始まる写真は千葉県立中央博物館の収蔵標本を撮影させていただいたものです。

ダウンロード
検索用特設ページ
スケール写真（目盛は1mm、全写真がこのスケールと同一の倍率[55倍]です）

新しいきのこ図鑑！

本サイト管理人が著者として参加させていただいた、「しっかり見わけ観察を楽しむきのこ図鑑」が上梓されました！「識別」と「同定」を重視した個々の種の解説に加え、きのこの主なグループの重要な識別形質を、豊富なデータを基に読み解いた、今までにないタイプの図鑑です（一部の内容に大菌輪のデータを使用しています）。
ご興味をお持ちの方はぜひ書店等で手に取ってみてください。

（↑上の画像をクリックすると出版社のページに飛びます）

大菌輪CCCデータセット ver.1.31 配布

本サイトのコンテンツ「大菌輪CCC（統制形質組み合わせ）」をcsvファイルの形で公開いたします。
14,966件の記載文から抽出した「CCC」のうち、「担子菌門（6,452分類群、CCC 192,676件抽出）」「子嚢菌門（3,540分類群、CCC 38,199件抽出）」「接合菌門（126分類群、CCC1,714件抽出 ）」の3つのファイルを提供いたします。
※ver.1.3には「担子菌門」ファイルの一部の学名の対応関係に誤りがありました。既にダウンロードされた方は、申し訳ありませんがver.1.31に差し替えをお願いいたします。

【重要な変更点】
（1）従来公開部分を「大菌輪掲載種」のみに限定していたのですが、「MycoBankでヒットした種」に拡張しました。これにより掲載分類群が約2.5倍になりました。
（2）分類階級のデータを削除しました。解析の都度、最新のデータを何らかの形で取得してください（MycoBank API推奨）。
（3）「分生子果」「分生子柄」「胞子嚢柄」関連のCCCを新たに追加しました。これにより、アナモルフ菌が大幅に追加されました。
（4）「和名なし」を「N/A」に変更しました。
（5）学名はMycoBankで現行学名に合わせています。現行学名が記載文の学名と異なる場合、リファレンス番号の横に「※」マークを付与しています。

※他のコンテンツと同じくクリエイティブコモンズ・ライセンス (CC-BY) を付与いたします。
※非正式あるいはデータマイニングでの利用に限ります。
※現バージョンでは未対応の分類群（変形菌、酵母、さび菌、黒穂菌など）や形質（シスチジア、傘表皮など）も多数あるのでご了承ください。今後対応していく予定です。

大菌輪CCCデータセット　ダウンロード
↑データセットをダウンロードするには上のボタンをクリックしてください

※旧バージョン（ver.1.2）はこちら（下のプログラムは現在のところ、こちらでしか動きません）


（ 資料その1：基本的な使い方と解析例）（2017/1/2に少し更新しました[ver1.1対応]）

（ 資料その2：同定ツール） 旧バージョン ver1.0

微小菌インフォシート

（2016年10月16日更新）大菌輪のコンテンツとは別という扱いですが、当面の間はこの場で公開いたします。
インフォーマルでインフォーマティブな観察シートです。
コンセプトは「あまり知られていない菌の存在を分かりやすく伝える」で、おおむね1時間程度でさらっと作成できるような内容を目指しています。
こちらの更新は不定期となります。

#5 エリシフェ・クサノイ（エノキうどんこ病菌） (Erysiphe kusanoi)
#4 ヴォルテラ属の一種 (Volutella sp.)
#3 スティクティス属の一種 (Stictis sp.)
#2 ダクティロスポラ・スティギア (Dactylospora stygia)
#1 クラウゼノマイセス・プラシヌルス (Claussenomyces prasinulus)

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