大菌輪 Daikinrin

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種名一覧

最終更新日：2018年1月14日

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【和名一覧】

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
大菌輪 は クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスの下で提供されています。

子実層托拡大写真データセット

USB顕微鏡（DinoLite-Premier E）でほぼ一定の条件（倍率・角度・照明）で撮影した子実層托（襞・管孔など）の拡大写真データセット「HP-Dino55」を公開します。（ver.2.0、316種、12,722枚）
[2018/7/4 ver.1.0→2.0、日光ツアー写真333枚追加]

 

・ライセンス未確認の「コレラタケ」を除き、全てCC-BYライセンスとなっておりますので、ご自由にお使いください。
・本来人工知能の学習データとして収集しているものですが、用途はもちろん自由です。
・CBM-から始まる写真は千葉県立中央博物館の収蔵標本を撮影させていただいたものです。

ダウンロード
検索用特設ページ
スケール写真（目盛は1mm、全写真がこのスケールと同一の倍率[55倍]です）

更新履歴と現在の作業

2018/7/7 「論文3行まとめ」「識別形質まとめ」「関連論文」を更新。（R3-5284まで）
2018/7/5 子実層托拡大写真「HP-Dino55」データセット検索用特設ページを作成。（ブラウザによっては動作しなかったり不安定だったりしそうです）
2018/6/27 子実層托拡大写真「HP-Dino55データセット」ver.1.0を公開。
2018/6/3 千葉菌通信の記事リンクを掲載。
2018/4/8 「種名一覧（和名・学名）」更新。
2018/4/8 全ての記事の投稿が完了しましたが、「掲載サイト一覧」にはまだ最新の情報が反映されていない状況です。
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2018/3/17 【重要】各菌のページの大規模リニューアルの準備がようやく整ったので、順次更新を開始します。新デザインの例はこちら。
更新作業中はリンク切れが大量に発生し、種名一覧や掲載サイト一覧との差異が生じるなどご不便をお掛けいたしますが、何卒ご了承ください。
掲載分類群の数は18,815→32,190になる予定です。
（3月31日追記）現在約28,000記事切り替え済み。
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2018/1/28 最近追加したタグ（78件）に英訳付与、「タグから検索」ページ更新。
2018/1/14 「和名一覧」に抜けがあったのを修正いたしました。
2017/11/12 技術的な問題が解決したので「論文3行まとめ」ページの検索テーブルを更新再開。「識別形質まとめ」ページの和名あり分類群を抽出した表も、常に最新の情報を反映するように改良。
2017/4/19 CCCデータセットを更新しました（ver.1.2→ver.1.31）。新たに「分生子果」「分生子柄」「胞子嚢柄」関連のCCCを追加し、14,966件の記載文を解析対象としています。今回の更新で掲載分類群が約2.5倍に増加しました。
（※2017/4/16に公開したver.1.3には一部の学名の対応関係に誤りがありました。ver.1.31として改めて公開いたします。）
2017/1/2 各菌のページにCCCデータセットver.1.1の内容を反映させました。新たに「胞子嚢胞子」関連のCCCを追加しました。
2016/12/21 「大菌輪CCCデータセット ver.1.0」を公開いたしました。
2016/10/16 「微小菌インフォシート」追加（#5）。
2016/4/17 タグ一覧を更新し、英訳を追加しました。（現在の件数：5194件）
2016/2/29 タグの階層化を一部完了しました。これに伴い、過去の「論文3行まとめ」のうち、下位語のみしか登録されていなかったものについて、上位語を補完しました。
2016/2/21 地図が表示されない不具合が発生しています。地名を指定しているものは正常なのですが、緯度経度を指定した時に表示されていないようです。
2016/1/11 「識別形質の価値の定量化」スライドと要旨を公開。
2015/10/25 「2015年夏版」正式公開しました。「トップページ」、「参照させていただいたwebサイト一覧」「種名一覧（学名・和名）」を更新。
2015/10/18 「菌言マイニングツール」公開（ver. 1,01）。Twitterで先行公開したver 1.0を微修正（軽微なバグの修正と英語ドロップダウンメニュー追加）しています。
2015/9/21 「シノニムチェッカーMB」を微修正（ver 1.01→1.1）。高次分類群を表示する機能などを追加しました。
2015/6/7 カテゴリが整備されました。各ページの上部に分類階級のパンくずリストを表示しました。
2015/5/11 変種、亜種、品種を除くほぼ全ての菌のページに、「GBIF全世界標本/観察データ数」「GBIF国内標本/観察データ数」をリアルタイムで取得する仕組みを追加しました。
2015/4/20 「タイプロカリティマップ」更新（R3-01746まで）
2015/1/12 「識別形質LOD」「タイプロカリティLOD」公開。
★これより前は忘れました★

千葉菌通信記事・千葉菌スライド会要旨

（2018年6月2日）千葉菌類談話会通信34号に菌学用語オントロジーに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
タイトル：「菌類オントロジー構築に向けたマイナーターム・マイニング」
PDF

（2018年1月13日）千葉菌類談話会スライド会で以下の内容を発表いたしました。
タイトル：「硬質菌類の孔口拡大写真からの自動特徴量抽出」
要旨

（2017年7月8日）千葉菌類談話会通信33号に系統樹自動可視化に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

（2016年5月3日）千葉菌類談話会通信32号に文献索引（インデックス）に関する記事を投稿しました。開くには下の画像をクリックしてください。

また、この記事に関連する補足資料（タグ解析の実例紹介）を公開いたします。開くには下の画像をクリックしてください。

（昨年度発表：2017年1月14日）タイトル：「菌の輪を描く – GraPhlAn による種名リストの系統的可視化 」
要旨
（2年前の発表：2016年1月10日）「きのこを見分ける時に まず見るべき部分はどこか ～識別形質の価値の定量化～」
スライド
要旨

新しいきのこ図鑑！

本サイト管理人が著者として参加させていただいた、「しっかり見わけ観察を楽しむきのこ図鑑」が上梓されました！「識別」と「同定」を重視した個々の種の解説に加え、きのこの主なグループの重要な識別形質を、豊富なデータを基に読み解いた、今までにないタイプの図鑑です（一部の内容に大菌輪のデータを使用しています）。
ご興味をお持ちの方はぜひ書店等で手に取ってみてください。

（↑上の画像をクリックすると出版社のページに飛びます）

大菌輪CCCデータセット ver.1.31 配布

本サイトのコンテンツ「大菌輪CCC（統制形質組み合わせ）」をcsvファイルの形で公開いたします。
14,966件の記載文から抽出した「CCC」のうち、「担子菌門（6,452分類群、CCC 192,676件抽出）」「子嚢菌門（3,540分類群、CCC 38,199件抽出）」「接合菌門（126分類群、CCC1,714件抽出 ）」の3つのファイルを提供いたします。
※ver.1.3には「担子菌門」ファイルの一部の学名の対応関係に誤りがありました。既にダウンロードされた方は、申し訳ありませんがver.1.31に差し替えをお願いいたします。

【重要な変更点】
（1）従来公開部分を「大菌輪掲載種」のみに限定していたのですが、「MycoBankでヒットした種」に拡張しました。これにより掲載分類群が約2.5倍になりました。
（2）分類階級のデータを削除しました。解析の都度、最新のデータを何らかの形で取得してください（MycoBank API推奨）。
（3）「分生子果」「分生子柄」「胞子嚢柄」関連のCCCを新たに追加しました。これにより、アナモルフ菌が大幅に追加されました。
（4）「和名なし」を「N/A」に変更しました。
（5）学名はMycoBankで現行学名に合わせています。現行学名が記載文の学名と異なる場合、リファレンス番号の横に「※」マークを付与しています。

※他のコンテンツと同じくクリエイティブコモンズ・ライセンス (CC-BY) を付与いたします。
※非正式あるいはデータマイニングでの利用に限ります。
※現バージョンでは未対応の分類群（変形菌、酵母、さび菌、黒穂菌など）や形質（シスチジア、傘表皮など）も多数あるのでご了承ください。今後対応していく予定です。

大菌輪CCCデータセット　ダウンロード
↑データセットをダウンロードするには上のボタンをクリックしてください

※旧バージョン（ver.1.2）はこちら（下のプログラムは現在のところ、こちらでしか動きません）


（ 資料その1：基本的な使い方と解析例）（2017/1/2に少し更新しました[ver1.1対応]）

（ 資料その2：同定ツール） 旧バージョン ver1.0

微小菌インフォシート

（2016年10月16日更新）大菌輪のコンテンツとは別という扱いですが、当面の間はこの場で公開いたします。
インフォーマルでインフォーマティブな観察シートです。
コンセプトは「あまり知られていない菌の存在を分かりやすく伝える」で、おおむね1時間程度でさらっと作成できるような内容を目指しています。
こちらの更新は不定期となります。

#5 エリシフェ・クサノイ（エノキうどんこ病菌） (Erysiphe kusanoi)
#4 ヴォルテラ属の一種 (Volutella sp.)
#3 スティクティス属の一種 (Stictis sp.)
#2 ダクティロスポラ・スティギア (Dactylospora stygia)
#1 クラウゼノマイセス・プラシヌルス (Claussenomyces prasinulus)

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