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種名一覧

最終更新日：2023年1月1日

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クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
大菌輪 は クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスの下で提供されています。


更新履歴と現在の作業

2023/1/1 2023年版に合わせて「種名一覧」を更新。
2022/12/30 2023年版リロード仮完了。各種のページにMycoBankの最新学名と最新和名リストを反映させました。「関連論文」を更新。（R3-10180まで）
2022/12/27 「大菌輪Trait Circus」きのこ・カビ同定支援ツールを更新。
2022/12/25「論文3行まとめ（Hugging Face Dataset版）」「識別形質まとめ」「タイプロカリティマップ」「論文3行まとめ検索ツール」を更新。（R3-10180まで）
2022/3/13 菌類懇話会スライド会資料「菌類観察会におけるiNaturalistの利用可能性　～記録の共有から市民科学への貢献に繋ぐパイプライン構想～」をアップロードしました。
2022/2/26 「論文3行まとめ」「識別形質まとめ」「Trait Circusデータセット」をHugging Face Datasetsで公開しました。それに伴い、「識別形質まとめ」csvファイルの本サイトでの公開を終了しました。
2021/11/13 Hugging Face Spacesで「きのこミニAI」を公開中。
2021/9/15 最近追加したタグに英訳付与、「タグから検索」ページ更新。
2021/7/2 千葉菌類談話会通信に投稿した記事「菌類の被子植物/裸子植物特異的形質の探索的解析」へのリンクを掲載しました。
2021/3/14 （重要）「大菌輪Trait Circus」をPlotly Dash版からObservable版に完全に移行しました。ニッチェ・ライフ記事掲載のURLには既にアクセスできなくなっています。
2021/2/24 「R3ダッシュボード」の公開を終了しました。以降の更新はObservable版に反映されます。
2021/2/20 「論文3行まとめ検索ツール」を作成。今後はheroku版からこちらに移行予定。
2021/1/30 Observable版「大菌輪Trait Circus」（全菌類の形質データベースと絞り込み検索ツール）を正式に公開しました。こちらからご覧ください。先行公開していたDash版から徐々にこちらに移行していきます。
2021/1/1 ニッチェ・ライフ 第8号に形質データベースに関する記事を掲載していただきました。
2020/9/2 「論文3行まとめ」エクセルファイル（import.xlsx）の全データのタグおよび分類群を最新の情報に更新しました（例えば「マケドニア」→「北マケドニア」など）。以後、更新のたびに最新版に修正される予定です。
2020/4/30 「タグから検索」ページの解析例をPCA+UMAPに差し替え。
2018/12/2 子実層托拡大写真「HP-Dino55データセット」ver.6.0を公開。 検索用特設ページ
2018/7/5 子実層托拡大写真「HP-Dino55」データセット検索用特設ページを作成。（ブラウザによっては動作しなかったり不安定だったりしそうです）
2018/4/8 「種名一覧（和名・学名）」更新。
2016/10/16 「微小菌インフォシート」追加（#5）。
★これより前は忘れました★

千葉菌通信記事・千葉菌スライド会要旨

（NEW！）（2022年10月21日）千葉菌類談話会通信37号にコウヤクタケ類の形質データベースマイニングに関する記事を投稿しました。開くには下のリンクをクリックしてください。
「きのこ界の Cinderella ～データマイニング で 挑む コウヤクタケ類」

（過去の千葉菌投稿記事）
（2021年）「菌類の被子植物/裸子植物特異的形質の探索的解析」
（2020年）「菌類学文献に隠された「未知の繋がり」を見つけ出す」
（2019年）「菌類の形質を掌握せよ　～形質データの構造化・統制・集積～」（※前年度の記事のエラッタも最終頁に掲載されています）
（2018年）「菌類オントロジー構築に向けたマイナーターム・マイニング」
（2017年）「菌の輪を描く -GraPhlAn による種名リストの系統的可視化-」
（2016年）「とあるアマチュアの文献索引（インデックス）」
（2016年・スライド会発表資料）「きのこを見分ける時にまず見るべき部分はどこか ～識別形質の価値の定量化～」

きのこミニAI

（2021/11/9）Hugging Face Spaces/Gradioに正式に移行しますので、今後はこちらをお使いください。インターネット上だけでなくローカルの画像も判定できるようになります。（2022.10追記：Swinを使ってもっと精度を向上させたモデルがあるのでいずれ差し替えます）
https://huggingface.co/spaces/Atsushi/kinoko-mini-AI
原則日本で撮られた写真に限って10万枚超を学習させていますが、精度は6-7割程度。
人間が判定する場合と同じく、襞や管孔が映っていた方がよいなど、写真の撮り方にも精度向上のコツがあります。

子実層托拡大写真データセット

USB顕微鏡（DinoLite-Premier E）でほぼ一定の条件（倍率・角度・照明）で撮影した子実層托（襞・管孔など）の拡大写真データセット「HP-Dino55」を公開します。（ver.6.0、397種、16,956枚）

 

・ライセンス未確認の「コレラタケ」を除き、全てCC-BYライセンスとなっておりますので、ご自由にお使いください。
・本来人工知能の学習データとして収集しているものですが、用途はもちろん自由です。
・CBM-から始まる写真は千葉県立中央博物館の収蔵標本を撮影させていただいたものです。

ダウンロード
検索用特設ページ
スケール写真（目盛は1mm、全写真がこのスケールと同一の倍率[55倍]です）

新しいきのこ図鑑！

本サイト管理人が著者として参加させていただいた、「しっかり見わけ観察を楽しむきのこ図鑑」が上梓されました！「識別」と「同定」を重視した個々の種の解説に加え、きのこの主なグループの重要な識別形質を、豊富なデータを基に読み解いた、今までにないタイプの図鑑です（一部の内容に大菌輪のデータを使用しています）。
ご興味をお持ちの方はぜひ書店等で手に取ってみてください。

（↑上の画像をクリックすると出版社のページに飛びます）

微小菌インフォシート

（2016年10月16日更新）大菌輪のコンテンツとは別という扱いですが、当面の間はこの場で公開いたします。
インフォーマルでインフォーマティブな観察シートです。
コンセプトは「あまり知られていない菌の存在を分かりやすく伝える」で、おおむね1時間程度でさらっと作成できるような内容を目指しています。
こちらの更新は不定期となります。

#5 エリシフェ・クサノイ（エノキうどんこ病菌） (Erysiphe kusanoi)
#4 ヴォルテラ属の一種 (Volutella sp.)
#3 スティクティス属の一種 (Stictis sp.)
#2 ダクティロスポラ・スティギア (Dactylospora stygia)
#1 クラウゼノマイセス・プラシヌルス (Claussenomyces prasinulus)

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